糧食加工的主要問題是糧食資源利用率低，平均利用率還不到70％。與國外相比，同品種面粉的出粉率低2％～4％，同品種大米出米率低4％～5％，糧食加工的設備和工藝都應有較大的改進才能適應新時代的要求。糧食加工的副產品的綜合利用是提高糧食資源利用率的重要途徑，這是我國的一筆巨大的資源，發達國家（如和）對糧食資源的全利用，使副產品綜合利用的價值超過稻谷、小麥、玉米自身價值的3～5倍。如米糠的綜合利用可生產出幾十種食用和工業用產品，使米糠附加值提高60倍，小麥麩皮的綜合利用可使麩皮增值5倍，稻殼的綜合利用可使稻殼增值3倍，碎米的綜合利用可使其附加值增值10倍。總之，我國的糧食副產品綜合利用水平還很低。水果加工情況也類似，一方面是果皮被作為廢棄物處理，一方面又要進口價格昂貴的果膠（果皮提煉物）。當然，搞好綜合利用是資源相對集中，資金實力雄厚及先進的技術與裝備。隨著產業結構的調整，資源綜合利用將提上議事日程。